O Programa de Pós-Graduação em Ciência e Tecnologia de Alimentos da UFT (PPGCTA-UFT) foi idealizado por docentes do curso de Engenharia de Alimentos da UFT com a contribuição de docentes da Universidade Federal de Viçosa devido à necessidade de capacitar o quadro docente da Instituição, de atender às demandas regionais e formação de recursos humanos como área estratégica para o desenvolvimento do Tocantins. A APCN do curso foi submetida à CAPES em 2012, tendo a homologação do parecer CNE/CES 313/2012 de aprovação pelo CTC-ES e o reconhecimento do curso emitido pela Portaria no 11, de 04 janeiro de 2013, com a nota 3.

O ingresso da primeira turma ocorreu por meio de processo seletivo realizado em maio de 2012, com início do semestre letivo em agosto do mesmo ano. No primeiro quadriênio de atuação do PPGCTA-UFT, o Programa contava com duas linhas de pesquisa “Controle de qualidade e segurança de alimentos” e “Desenvolvimento de novos produtos alimentícios”, 12 docentes permanentes e 2 docentes colaboradores e 23 dissertações de mestrado defendidas. A primeira avaliação do curso manteve a nota 3, com a homologação do parecer CNE/CES 487/2018 e publicação da Portaria no 609, de 14 de março de 2019.

Em 2017, o PPGCTA-UFT passou por estruturação no seu regimento interno com o objetivo de aumentar a qualidade das dissertações de mestrado, ser mais competitivo em editais de fomento à pesquisa e infraestrutura, credenciamento de novos docentes permanentes e inserir a internacionalização do Programa. Com isso, o PPGCTA-UFT passou a ofertar anualmente disciplinas em língua estrangeira por pesquisadores de instituições internacionais renomadas e firmar parcerias com instituições nacionais e internacionais. O Programa ampliou suas linhas de pesquisa com a criação da linha “Biotecnologia aplicada à indústria de alimentos”. Com isso, em 2018, o PPGCTA-UFT foi contemplado no Edital no 21/2018 Procad-Amazônia, iniciando uma parceria com Universidade Federal de Lavras e Universidade Federal de Roraima, além de instituições parcerias nacionais. Em 2020, o PPGCTA-UFT firmou uma parceria com as instituições UnB, USP, Butantã, UFG, CETENE, UFF, Hospital Albert Einstein, onde foi aprovado um projeto para o desenvolvimento de uma metodologia de análise de Sars-Cov-2 utilizando nanopartículas de ouro conjugadas, coordenado pela UnB. Ainda em 2020, o Programa foi contemplado no Edital no 13/2020 PDPG-Amazônia Legal, iniciando uma parceria com o PPGCTA da Universidade Federal do Pará. O número de artigos científicos tem aumentado consideravelmente anualmente, assim como, a publicação de livros, coletâneas, capítulos de livros e depósitos de patentes.